『吉田本　日本書紀』は、写本・二巻で構成。
諸国の神社に仕えて卜占を家業とした卜部家に伝来した『日本書紀』の古写本。卜部家は鎌倉時代末より吉田姓を名乗っており、この二巻を「吉田本」と呼ぶのはこのため。吉田家からは、室町時代に吉田神社の神主吉田兼倶（1435～1511）が出て「吉田神道」を確立、神道界で大きな勢力となった。下巻には卜部兼方が弘安九年（1286）春に「裏書」を書き加えたことを記した奥書があり、この奥書と本文の筆跡が同じであるところから、本文もまた兼方によって筆写されたものであることがわかる。
全巻、兼方の自筆によるもので、本文には、朱の訓点が施され、欄外に細字の注記が、紙背には兼方によって諸説が書き込まれている。この兼方の裏書は、その父兼文が前関白一条実経らに行った『日本書紀』の講義に関わって書かれたもので、のち兼方が著した『釈日本紀』（現存最古の『日本書紀』の注釈書。『日本書紀』講読の諸筆記を集大成したもの）はこの裏書をもとにして構成されたものという。


【本書の特長】
・京都国立博物館所蔵の国宝より、日本文化史上、特に大きな意義を持つ『吉田本 日本書紀』を全編原寸･原色で影印。フルカラー全編公開は史上初。
・高精細な製版・印刷により、流麗な筆致、詳密な書入・訓点を忠実に再現
・石塚晴通（国語学）・赤尾栄慶（古写経学・文化財学）・羽田聡（日本史）の諸氏による解題を附し、歴史的・文化史的位置づけを示した。